烘干系统的作用是将筛分后的颗粒进一步去除水分，达到有机肥含水率的标准要求。颗粒烘干一般采用高效率的滚筒式烘干机，烘干同时改善颗粒成型。

冷却系统的作用是实现烘干后颗粒物料的冷却，有助于颗粒储存保质。烘干机输出的热颗粒从上方进入到逆流冷却器内，干燥空气在冷却风机的作用下，由冷却器的下部进入，与由上部落下的湿热颗粒进行充分的冷热交换。经过冷却后，颗粒温度与环境温度之差小于5℃。具有气动系统控制的摆动式翻板卸料机构，卸料速度可调，卸料均匀、流畅。与滚筒冷却机冷却有机肥相比，逆流冷却剂的优点是：占地少，价格低，冷却效果好。